El nombre “Guanusacate” (Agua muerta o bañado) aparece por primera vez en la documentación histórica en octubre de 1576 cuando Lorenzo Suárez de Figueroa, Teniente General de Gobernador de la Provincia del Tucumán entrega una merced de una legua sobre el río Guanusacate a don Pedro Deza.
El Guanusacate ha sido siempre un río ancho y poco profundo, pero con importantes crecidas durante la época de lluvias. Su cauce ha ido variando por el rellenado de sus márgenes, el encauzamiento progresivo y la extracción de arena de su lecho.
La particularidad de este río es que se pierde en su propio lecho arenoso, a la altura de Los Cometierra. Investigaciones realizadas por la Dirección de Hidráulica de la Provincia, en los años 60, determinaron que el río se hace subterráneo y se divide posteriormente en dos brazos: uno desagua en la laguna Mar Chiquita; y el otro, en el río Carcarañá.
